波波醫師爭議不休，甚至出現獵巫的網路霸凌。台北商業大學副教授、公平交易委員會前委員李禮仲認為，任何法規命令不僅要合法合憲，更不能因為援用法規的對象而有所不同，所謂的「波波醫師」爭議，凸顯政府法令朝令夕改，更違反依法行政原則（law-based administration）。